Невероятно быстрая работа приложения достигается за счет обращения непосредственно к таблице файлов NTFS MFT (MasterFileTable), в которой хранятся данные обо всех файлах и папках. С другой стороны, эта особенность приложения является и его недостатком: с помощью UltraSearch нельзя найти метаданные файлов JPEG, электронные сообщения и т. д. Кроме того, стоит учитывать, что программа работает только на дисках с файловой системой NTFS, а значит, ее нельзя применять для поиска на флеш-накопителях, где обычно используется FAT.